Demikian juga dalam pengembangan materi pembelajaran, walaupun secara umum sudah ada standar dari pemerintah tetapi lembaga pesantren sangat aktif dalam mengembangkan materi pembelajaran pendidikan agama Islam di sekolah ataupun di luar sekolah. Penambahan-penambahan materi pembelajan pun terjadi dalam proses pembelajaran di luar sekolah yaitu dalam kegiatan pembelajaran pesantren secara khusus malahan dengan menggunakan kitab-kitab rujukan dan buku-buku asli baik dan para pendidiknya mengembangkan metode-metode pembelajaran yang aktif yang meningkatkan motivasi pembelajaran peserta didik.
Konsep pembelajaran pendidikan agama Islam meliputi pembahasan pendekatan, model, strategi, metode dan teknik pembelajaran untuk mencapai pengembangan tiga ranah. Dasar filosofis dari pengembangan proses pembelajaran mengacu pada hakikat pembelajaran itu sendiri. Pertama, proses pembelajaran adalah proses yang kompleks, interaktif, dan setingnya dinamis. Teori belajar diharapkan dapat memberi sumbangan untuk memahami seting tersebut. Pembelajaran mengandung arti setiap kegiatan yang dirancang untuk membantu seseorang mempelajari suatu kemampuan dan atau nilai yang baru. Kesiapan guru mata pelajaran untuk mengenal karaktersitik peserta didik dalam pembelajaran merupakan modal utama penyampaian bahan belajar dan menjadi indikator susksesnya pelaksanaan pembelajaran. Kedua, proses pembelajaran yang terencana itu diarahkan untuk mewujudkan suasana belajar dan proses pembelajaran, hal ini berarti tidak boleh mengesampingkan proses belajar, pembelajaran tidak semata mata berusaha untuk mencapai hasil belajar akan tetapi bagaimana memperoleh hasil atau proses belajar yang terjadi pada diri anak. Ketiga suasana belajar dan pembelajaran itu diarahkan agar pesera didika dapat mengembangkan potensi dirinya, ini berarti proses pembelajaran itu harus berorientasi kepada siswa. pembelajaran adalah upaya pengembangan potensi anak didik, dengan demikian anak harus dipandang sebagai organisme yang sedang berkembang dan memiliki potensi, tugas pendidikan adalah mengembangakan potensi yang dimiliki anak. Keempat, akhir dari proses pendidikan adalah kemampuan anak memiliki kekuatan spiritual keagamaan, pengendalian diri, kepribadian, kecerdasan, akhlak mulia, serta keterampilan yang diperlukan dirinya, masyarakat, bangsa dan Negara. Ujung dari proses pendidikan adalah pembentukan sikap, pengembangan kecerdasan atau intelektual serta pengembangan keterampilan anak sesuai dengan kebutuhan.
Mata pelajaran pendidikan agama Islam dengan macam karakteristiknya membuat guru harus mampu memilah dan memilih metode yang tepat sesuai dengan karakteristik itu dan tujuan pembelajaran. Kesalahan dalam memilih metode dalam mengajar berarti guru telah merancang kegagalan dalam pembelajaran. Sebagai petunjuk dalam memilih metode yang tepat ada lima prinsip umum dalam menentukan metode pembelajaran, di antaranya : Berorientasi pada tujuan pembelajaran, tujuan pembelajaran merupakan komponen yang utama dalam kurikulum dan sistem pembelajaran. Segala aktivitas guru dan peserta didik mestilah diupayakan untuk mencapai tujuan yang telah ditetapkan. Ini sangat penting sebab mengajar adalah proses yang bertujuan. Oleh karena itu keberhasilan suatu metode pembelajaran dapat ditentukan dari keberhasilan peserta didik mencapai tujuan pembelajaran. Tujuan pembelajaran dapat menentukan suatu metode yang harus digunakan guru akan tetapi hal ini sering dilupakan guru. Guru yang senang berceramah hampir setiap tujuan menggunakan metode ceramah seakan-akan semuanya dapat dicapai melalui metode ceramah. Dalam kurikulum KTSP, turunan tujuan yang paling bersifat operasional adalah indikator pembelajaran, karena itu seorang guru harus dapat mengembangkan indikator-indikator tersebut sesuai dengan tujuan yang akan dicapai. Misalkan salah satu indikatornya siswa dapat mempraktekkan shalat jenazah. Maka guru bisa saja menggunakan metode demonstrasi oleh perwakilan siswa dan yang lainnya mengikuti praktek itu sambil dipandu oleh guru. Sehingga peserta didik merasa senang dalam pembelajan itu; Berorientasi pada aktivitas peserta didik, belajar bukan sebatas aktifitas menghafal sejumlah informasi. Belajar adalah berbuat yakni memperoleh pengalaman tertentu sesuai dengan tujuan yang diharapkan. Karena itu metode pembelajaran harus dapat mendorong aktifitas peserta didik. Aktifitas tidak dimaksudkan terbatas pada aktivitas fisik akan tetapi meliputi aktivitas yang bersifat mental. Banyak guru yang terkecoh oleh sikap peserta didik yang pura-pura aktif padahal sebenarnya tidak. Maka seorang guru harus selalu mampu menghidupkan suasana belajar yang dapat mendorong aktifitas peserta didik sehingga ketika ada seorang anak terus berbuat ribut maka guru langsung menasehatinya agar jera dan menjadi pelajaran bagi yang lainnya.
Berorientasi pada individualitas, mengajar adalah usaha mengembangkan setiap individu peserta didik. Walaupun guru mengajar sekelompok peserta didik namun pada hakikatnya yang ingin dicapai adalah perubahan perilaku setiap siswa. Kalau melihat dari jumlah peserta didik sebaiknya standar keberhasilan guru ditentukan setinggi-tingginya; Berorientasi pada integritas, mengajar harus dipandang sebagai usaha mengembangkan seluruh pribadi siswa. Mengajar bukan hanya mengembangkan kemampuan kognitif saja akan tetapi meliputi pengembangan aspek afektif dan psikomotorik. Oleh karena itu pembelajaran harus diarahkan untuk mengembangkan seluruh aspek kepribadian peserta didik secara teritergrasi. Penggunaan metode diskusi seorang guru harus dapat merancang strategi pelaksanaan diskusi tidak hanya terbatas pada pengembangan aspek intelektual tetapi harus mendorong peserta didik agar mereka bisa berkembang secara keseluruhan, misalkan agar peserta didik dapat menghargai pendapat orang lain, agar lebih berani berpendapat dan bersikap jujur, tenggang rasa dan lain sebagainya.
Dalam evaluasi pembelajaran, seperti pada umumnya ada ujian-ujian yang telah ditetapkan pemerintah dan ditambah dengan ujian pesantren secara khusus yang berbentuk ujian tulisan, lisan dan praktek. Proses pengajaran pendidikan agama Islam yang baik adalah siswa dan guru secara bersama-sama menentukan tujuan pembelajaran yang hendak dicapai. Guru atau pendidik (murabbi) dan peserta didik (murid) memiliki posisi yang sama yakni subjek pembelajaran. Penelitian ini juga ingin menemukan pengembangan konsep pembelajaran pendidikan agama Islam yang ideal diambil dari paduan konsep dari dua pesantren modern sehingga bias mengubah pandangan-pandangan yang salah seperti pelaksanaan proses pembelajaran yang terlalu mekanistik dan tidak mengarahkan siswa untuk langsung mempraktekkan materi pembelajaran, karena guru lebih banyak berperan sebagai transmitter pengetahuan dan siswa semata-mata menerima pengetahuan dari guru. Peran guru agama yang hanya sebagai transmitter pengetahuan ini pada akhirnya kurang mendorong siswa untuk kreatif dan tidak banyak terlibat baik secara fisik maupun mental dalam proses pembelajaran. Karena pembelajaran pendidikan agama Islam itu pada intinya adalah : Penanaman nilai ajaran Islam sebagai pedoman mencapai kebahagiaan hidup di dunia dan akhirat; Pengembangan keimanan dan ketakwaan kepada Allah SWT serta akhlak mulia peserta didik seoptimal mungkin, yang telah ditanamkan lebih dahulu dalam lingkungan keluarga; Penyesuaian mental peserta didik terhadap lingkungan fisik dan sosial melalui pendidikan agama Islam; Perbaikan kesalahan-kesalahan, kelemahan-kelemahan peserta didik dalam keyakinan, pengamalan ajaran agama Islam dalam kehidupan sehari-hari; Pencegahan peserta didik dari hal-hal negatif budaya asing yang akan dihadapinya sehari-hari; Pengajaran tentang ilmu pengetahuan keagamaan secara umum (alam nyata dan non nyata), sistem dan fungsionalnya; Penyaluran siswa untuk mendalami pendidikan agama ke lembaga pendidikan yang lebih tinggi
Di madrasah berbasis pesantren proses pembelajaran terkait dengan bagaimana membelajarkan siswa atau bagaimana membuat siswa dapat belajar dengan mudah dan terdorong oleh kemauannya sendiri untuk mempelajari apa yang teraktualisasikan dalam kurikulum sebagai kebutuhan (needs) peserta didik. Karena itu, pembelajaran berupaya menjabarkan nilai-nilai yang terkandung di dalam kurikulum dengan menganalisis tujuan pembelajaran dan karakteristik isi bidang studi yang terkandung di dalam kurikulum. Selanjutnya, dilakukan kegiatan untuk memilih, menetapkan, dan mengembangkan cara-cara (strategi) pembelajaran yang tepat untuk mencapai tujuan pembelajaran yang ditetapkan sesuai kondisi yang ada, agar kurikulum dapat diaktualisasikan dalam proses pembelajaran sehingga hasil belajar terwujud dalam diri peserta didik.
Pada awal proses pembelajaran peran guru bisa lebih aktif. Guru memberikan pengetahuan yang dibutuhkan siswa dengan mengemukakan pendapat, bertanya, menjelaskan, memberikan contoh yang dipelajari siswa. Selanjutnya guru memberikan kesempatan kepada siswa untuk aktif dan berpartisipasi secara nyata menerapkan apa yang telah dipelajarinya dari guru dengan bertanya, berpendapat, mengerjakan tugas, berlatih dan mencoba. Ketika siswa aktif peran guru mulai berubah menjadi pasif misalnya dengan cara mengawasi atau membimbing siswa da nmemberikan feed back. Sebaliknya dari guru, pada awal pelajaran siswa cenderung pasif. Mereka mendengarkan dan mengamati penjelasan guru. Selanjutnya siswa menjadi lebih aktif dengan menerapkan pengetahuan yang mereka terima di awal pembelajaran tadi misalnya dengan melakukan praktek. Seorang pendidik dituntut dapat memahami dan memiliki keterampilan yang memadai dalam mengembangkan berbagai model pembelajaran yang efektif, kreatif dan menyenangkan, sebagaimana diisyaratkan dalam Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan. Jika para guru telah dapat memahami konsep atau teori dasar pembelajaran pendidikan agama Islam yang merujuk pada proses (beserta konsep dan teori) pembelajaran, maka guru dapat secara kreatif mencoba memformulasi dan mengembangkan model pembelajaran tersendiri yang khas, sesuai dengan kondisi nyata sehingga akan muncul model-model pembelajaran yang baru dan guru mampu membangun pikiran peserta didik.
Apapun pendekatan yang digunakan seorang guru dalam proses pembelajaran PAI, sebenarnya yang diharapkan hasil pendekatan tersebut adalah peserta didik dapat membentuk kerangka kognitif sendiri yaitu konsep yang dimiliki oleh peserta didik adalah hasil bangunannya sendiri sehingga konsep tersebut benar-benar menjadi milik peserta didik yang pada akhirnya mudah mereproduksi apabila sewaktu-waktu dibutuhkan juga dapat secara reflek mengamalkan apa yang dianggap baik oleh pikirannya.
